Olmerts Amtszeit war von kriegerischen Auseinandersetzungen mit der palästinensischen Hamas und der vom Iran unterstützten libanesischen Hisbollah geprägt, wobei Olmert auf antiisraelische Attentate mit Zerstörung ziviler Infrastruktur im Gaza-Streifen reagierte.
Unter dem Titel "Just Reward" („Gerechter Lohn“) startete Olmert am 12. Juli 2006 ausgedehnte Kampfhandlungen auf libanesischem Gebiet (Libanonkrieg) und berief sich gegenüber der internationalen Kritik auf das nationale Selbstverteidigungsrecht.
Als Kriegsziel wurde zunächst propagiert, dass mit der Invasion israelische Soldaten befreit werden sollten, die von der Hisbollah entführt waren. Mit dem weiteren Vormarsch wurde die Vernichtung der Hisbollah zum propagierten Kriegsziel. Keines der Ziele wurde erreicht. Olmert geriet auch deshalb innenpolitisch in Kritik, denn die Hisbollah im Libanon und die Hamas im Gazastreifen wurden in Folge seiner Politik eher noch stärker. Für den Nahost-Friedensprozess hatte Olmert wenig zu bieten, sondern verstärkte in Ostjerusalem und im Westjordangebiet den israelischen Siedlungsbau, dessen Rücknahme von Scharon als Beitrag zur "Roadmap" zugesagt war.